Depois da morte de Gregório VII a Idade Média entra na sua fase mais ascendente e a Igreja está agora mais livre do poder secular. Realizam-se o , 10º e 11º Concílio no Latrão, respectivamente nos anos 1123, 1139 e 1179, onde se reafirma a disciplina da Igreja e sua autonomia frente aos imperadores e nobres que procuravam dominar a Itália e sobretudo o Estado Pontifício.

O século XIII foi uma fase privilegiada para a História da Igreja porque foi marcada por cinco personagens de grande vulto: o Papa Inocêncio III ( 1198 - 1216 ), o Rei Luís IX, da França  (1226 - 1270), que mais tarde seria canonizado, como São Luís de França, São Tomás de Aquino, grande teólogo e doutor da Igreja, e dois grandes frades: São Francisco de Assis ( 1181 - 1226 ) e São Domingos de Gusmão (1170 - 1234 ).

Passemos agora à figura e ao pontificado de Inocêncio III, que foi o mais bem sucedido papa da Idade Média. Seu nome verdadeiro era Lotário de Segnei e era filho de uma nobre família italiana. Estudou Teologia, Filosofia e Direito em Roma em Bolonha. A partir de 1189, serviu em Roma como Diácono, mas afastou-se dos negócios públicos para se dedicar à vida ascética recolhendo-se num mosteiro. Foi retirado do seu recolhimento quando da morte do papa Celestino III em 1198 e, por unanimidade foi eleito papa com apenas 37 anos de idade. Era o mais jovem entre todos e mesmo assim foi escolhido embora fosse apenas diácono. No dia 8 de janeiro de 1198, foi ordenado presbítero, no dia 21 de fevereiro, sagrado Bispo de Roma e no dia seguinte ascendeu a cátedra papal com o nome de Inocêncio III em 22 de fevereiro de 1198.

Sua eleição surpreendeu a todos. O cronista alemão Walter von der Vogelweide chegou a escrever : "Ó Deus! Um papa jovem demais !... Senhor ajuda a Tua Cristandade ! " Mais tarde os historiadores o chamariam de "Luz do Mundo e Maravilha do Mundo".

Ora aconteceu que no mesmo ano em que Inocêncio III subiu ao trono de São Pedro morreu, na Alemanha o Imperador Henrique VI que deixou um testamento onde fazia grandes concessões ao papa em troca da coroa imperial do Sacro Império para seu filhinho Frederico II Rogério nascido em 1194. A imperatriz-viúva, Constância, renunciou a outros bens em favor da Igreja que seu marido deixara e naquele mesmo ano de 1198, em novembro, ela veio a falecer. Antes de morrer ela confiou o jovem príncipe à tutela de Inocêncio III. Mais tarde em 1208, o papa proclamou a maioridade de Frederico II com apenas 14 anos e este declarou o papa como seu benfeitor e protetor. Infelizmente mais tarde esse monarca se mostraria pouco fiel ao papa e às diretrizes da Igreja.

Inocêncio III interferiu em questões internas de reinos europeus. Vejamos:

1) Na Alemanha, ele interferiu na disputa pelo poder entre Felipe da Suábia e Oto de Braunschweig. Solicitado para arbitrar deixou que eles se entendessem primeiro. Após três anos, resolveu intervir em favor de Oto, que se tornou Imperador . Este se desviou de seus propósitos e foi excomungado em 1210. Os alemães o abandonaram e elegeram Frederico II Rogério. Inocêncio deixou então partir para a Alemanha seu antigo pupilo que se tornara Imperador.

2) Na Inglaterra, vimos que na época do Rei Ricardo Coração de Leão, seu irmão, o Príncipe João Sem Terra, usurpara-lhe o trono quando este ao regressar da 3ª Cruzada caíra nas mãos dos austríacos, que o passaram aos alemães. Libertado mediante a um vultoso resgate, Ricardo retornou e ainda perdoou o Príncipe João.

Quando Ricardo morreu em 1199, João Sem Terra assumiu o trono, sucedendo-o com o nome de João II. Era um homem ambicioso como já vimos antes e em 1207, não reconheceu o novo bispo da Cantuária, Estevão de Langstons, indicado pelo papa. Como as advertências de Inocêncio III foram inúteis, o papa então lançou um interdito sobre toda a Inglaterra em 1208. O Interdito proibia a celebração do culto público em todo o território sob interdição. Durante a censura só poderia haver missas à portas fechadas.

João Sem Terra revidou com energia e perseguiu a Igreja em toda a Inglaterra e por isso foi excomungado no ano seguinte, 1209. Pouco depois, em 1212 o monarca foi deposto do trono por pressão da Igreja. Vendo-se em situação difícil por causa de Inocêncio III, João Sem Terra recuou e, por prudência, resolveu submeter-se ao papa. No ano seguinte, 1213, decidiu reparar os males causados à Igreja e reconhecer o bispo Estevão, da Cantuária. Foi então absolvido da excomunhão naquele ano de 1213 e o Interdito foi suspenso no ano seguinte, 1214. Em conseqüência desses atritos, eclesiásticos, leigos e autoridades da Inglaterra se reuniram para pedir reformas ao rei na administração dos feudos e mais liberdade para os cidadãos. Tal é a famosa Carta Magna da Inglaterra assinada pelo Rei João II, em 1216, que continha 63 artigos e que se tornou a primeira constituição democrática do mundo. Naquele ano de 1216, o Rei João Sem Terra (João II) veio a falecer reconciliado com a Igreja.

Vale registrar que João Sem Terra recebeu esse nome porque o seu pai, antes de morrer, não lhe deixara terras como herança. Ele só veio a ser tornar rei da Inglaterra porque o seu irmão, Ricardo Coração de Leão, antes de morrer,  fez dele o herdeiro do trono da Inglaterra.

3) Com a França, o papa teve de usar a energia não por motivos políticos mas por razões morais. O Rei Felipe Augusto ( o mesmo que seguiu na 3ª Cruzada com Ricardo Coração de Leão da Inglaterra e o Imperador Frederico Barbarroxa da Alemanha ) havia se casado com a Princesa Ingeburga e depois a repudiou para se unir à Condessa Inês de Merano. O rei não quis ouvir as advertências de Inocêncio III e por isso o papa lançou o Interdito sobre a França no ano 1200. Após a morte de Inês em 1201, Felipe Augusto concordou em reassumir seu casamento com Ingeburga, reassumindo-a, após relutar muito em cumprir sua promessa ao papa. Foi perdoado depois por Inocêncio III e o Interdito suspenso em toda a França.

Também agiu com energia contra os Reis Pedro II de Aragão (Espanha) e Afonso IX de Leão (Espanha), por motivos matrimoniais. Pedro queria se separar de sua esposa, enquanto Afonso queria casar-se com a própria sobrinha. Ambos cederam e acataram as determinações de Inocêncio III. Depois excomungou ao Rei Sancho I de Portugal (1186 - 1211) por violar a liberdade da Igreja e ainda teve um relacionamento mais ou menos tenso com os reis da Boêmia, Hungria , Sérvia, Dinamarca, Albânia, Polônia e Suécia por causa da violação da liberdade da Igreja ou da disciplina do clero e dos fiéis nesses países.

Ocupou-se este pontífice em combater as heresias cátara e valdense, mas não apoiou a pena de morte na Inquisição e ainda exortou que se evitasse os excessos preferindo as penas espirituais como excomunhão, interditos, etc...  Preocupou-se com o Oriente e em seu pontificado ocorreu o mais imponente concílio da Idade Média, o de Latrão IV, onde compareceram mais de 1200 prelados e quase todos os reis, príncipes e imperadores cristãos: Frederico II da Alemanha (seu antigo protegido) Henrique, imperador latino de Constantinopla, o Rei João Sem Terra da Inglaterra e mais os reis da Hungria, de Aragão, da França e de Jerusalém, entre outros. Este concílio baixou normas importantes na Igreja como o mandamento de comungar pelo menos uma vez por ano na Páscoa da Ressurreição. Legislou sobre a pobreza dos monges e o uso do hábito clerical. O sacramento do Matrimônio deveria ser realizado como algo muito santo e usou pela primeira vez neste Concílio a palavra "Transubstanciação" para designar a mudança do pão e do vinho para o corpo e sangue de Jesus na Eucaristia.

Numa viagem para a Lombardia Inocêncio III foi colhido por uma febre maligna e faleceu em 16 de julho de 1216. Foi um grande papa, servidor fiel da Igreja, cumpriu com grandeza sua missão, soube ser duro com os poderosos, manso e misericordioso com os pecadores arrependidos (veja o caso de João Sem Terra em 1213) e disponível e acolhedor com os mais humildes. Três vezes por semana abria as portas da Santa Sé para atender a todos que o procurassem, sem necessitar de audiência. Seu vulto merece a reverência de todos os cristãos através da História.