A transferência do Papado para Avinhão, na França, em 1309 por Clemente V foi muito ruim para a Igreja, pois o rei da França tendia a dominar o papa. Além disso os primeiros decênios do papado em Avinhão foram marcados por um sério conflito entre a Igreja e o Imperador da Alemanha, Luís IV.

Quando Clemente V morreu, seu sucessor no trono pontifício foi o Papa João XXII ( 1316 - 1334), um francês de 72 anos de idade que fora eleito com o apoio dos reis da França e de Nápoles. João XXII era um homem simples porém dotado de personalidade enérgica, disposto a superar todos os obstáculos. Nunca saiu de Avinhão e durante os dezoito anos de seu pontificado escreveu 60.000 documentos que tratavam, sobretudo, da administração dos bens da Igreja. Era um homem interessado em questões teológicas e teve de sustentar controvérsias com os príncipes alemães.

Ora, aconteceu que 1314 foi eleito rei, pela maioria dos alemães, Luís IV da Baviera. Uma minoria, porém tinha escolhido a Frederico da Áustria. Ambos os eleitos pediram o reconhecimento do papa, mas João XXII se mostrou neutro. Luís IV assume o trono em 1314 e começa a combater Frederico numa luta interna. Em 1322 ele vence o opositor e se torna único Senhor da Alemanha, depois de prender Frederico. Mesmo assim o Papa João XXII não quis reconhecê-lo como Imperador  da Alemanha, alegando que em caso de eleição dividida cabia ao pontífice decidir e não ele decidi-la pelo uso da  força.

A crise aumentou por causa da administração da Itália: esta, em caso de vacância do trono imperial da Alemanha, deveria ser administrada pela Santa Sé. João XXII fez uso deste direito enquanto durava a luta na Alemanha confiando ao Rei Roberto de Nápoles, a administração italiana. Luís IV não quis tolerar este estado de coisas e em 1323, nomeou o Conde Bertoldo Neiffer como seu representante na Itália. O Papa João XXII então intimou-o, sob pena de excomunhão, a depor o conde dentro de três meses e esperar que a Santa Sé decidisse a questão da legitimidade. O Imperador Luís IV alegou que o papa não tinha o direito de se intrometer em questões internas da Alemanha e depois de acusá-lo de favorecer hereges apelou para a convocação de um Concílio Ecumênico a fim de julgar o caso. Acontece que um papa não pode ser julgado por um Concílio, mas a idéia de se convocar um Concílio acima do papa começaria a ganhar força a partir de então.

Como conseqüência, o Papa João XXII excomungou o Imperador Luís IV em 23 de março de 1324. Este reagiu com um libelo onde acusava o papa de herege e perturbador da ordem pública. Novamente voltou a pedir um Concílio Ecumênico para julgar João XXII. Dessa forma entrou em curso o último grande conflito entre o Papado e o Império ( Sacro Império Romano Germânico ) na Idade Média.

Antes de prosseguirmos é bom sabermos porque Luís IV acusava o papa João XXII de herege:

Após a morte de São Francisco de Assis, em 1226, os franciscanos se dividiram em duas correntes: os Espirituais ( também conhecidos com Observantes ou Fraticelli ) que desejavam uma rígida disciplina na observância da pobreza franciscana, e os Comunitários que eram mais moderados. Depois de apelar para os papas anteriores sem sucesso, os "Espirituais" apelaram para João XXII que lhes foi desfavorável e os condenou. Foi aí que os "Comunitários" também entraram em luta com o papado. No capítulo geral da Ordem Franciscana de 1322 declararam que "Cristo e os apóstolos não possuíam propriedade nem individual e nem comum e por isso os filhos de São Francisco deviam imitá-los, não possuindo bem algum". A controvérsia sobre a pobreza de Cristo e os apóstolos estava aberta.

O Papa João XXII reagiu rejeitando tal sentença como sendo herética e numa bula papal de 1323 argumentou que os bens de consumo, como alimentos, não podem ser utilizados sem que haja pleno domínio sobre eles. Ou seja, tem que haver posse. A confusão entre os franciscanos foi tanta que em 1328, o Superior da Ordem Miguel de Cesena e os frades Bonagratia de Bérgamo e Guilherme de Occam, grande filósofo e teólogo, abandonaram Avinhão e passaram para o lado de Luis IV, da Alemanha.

Ora, precisamente por ter condenado a sentença dos conventuais é que João XXII foi chamado de herege por Luís IV.

Guilherme de Occam, um dos maiores teólogos daquela época, escreve um tratado onde afirmava que o Primado do Sumo Pontífice não é uma instituição necessária derivada de Cristo. Na corte de Luís IV vivia agora Guilherme de Occam e com ele outros teólogos como Marsílio de Pádua e João de Janduno.

Por outro lado, João XXII era defendido por outros teólogos como os agostinianos Egídio Romano e Tiago de Viterbo. Estes afirmavam que o poder do papa se estendia sobre o espiritual e o temporal. Todos os príncipes deste mundo devem se inclinar ante seu poder (querendo ou não), pois seu poder é ilimitado e todos neste mundo são seus vassalos.

Outros teólogos procuraram uma via intermediária, onde reconheciam o poder papal como espiritual, mas reconhecia também a autonomia do Estado no plano temporal. Entre estes estavam João Quidort, Egelberto de Admont e Dante Alighieri, o autor da "Divina Comédia", que escrevera um tratado sobre o assunto chamado " Sobre a Monarquia" em 1312.

Assim, respaldado por uma ala da Igreja, Luís IV desceu à Itália para ser coroado imperador do Sacro Império ( ainda não havia sido coroado ). Foi então coroado pelo prefeito de Roma na basílica de São Pedro, à revelia de João XXII que estava em Avinhão. Enquanto isso sentenças e censuras se multiplicavam em Avinhão contra ele. Luís IV em seguida declarou o Papa João XXII deposto da cátedra de Pedro e em seu lugar conseguiu eleger irregularmente um antipapa com o nome de Nicolau V, abrindo um cisma que acabou durando pouco tempo. Os romanos não aceitaram o antipapa e Luís IV, sem dinheiro para se manter em Roma e carecendo de tropas, teve de deixar a Cidade Eterna acompanhado de seu antipapa Nicolau V, debaixo de apupos do povo romano. O antipapa Nicolau V acabou se submetendo ao verdadeiro papa, João XXII, em 1330. Nesse mesmo ano Luís IV quis reconciliar-se com o Papa João XXII, mas o pontífice exigiu dele uma prova de sinceridade e pediu que ele, em troca, renunciasse ao trono. Ele não o fez e as coisas voltaram à estaca zero.

João XXII morreu em 1334, sem chegar a algum resultado nas conversações com Luís IV, da Alemanha. Foi uma crise que ele deixou para seus sucessores resolverem. Contudo, por sua parcimônia e capacidade de trabalho, deixou as finanças papais em boas condições para aqueles que o sucedessem.

Seu sucessor foi Bento XII ( 1334 - 1342 ), amigo da reforma  e da disciplina, que mais uma vez desejou retornar à Roma, mas não fez por causa da pressão dos cardeais franceses e do rei da França, Felipe IV, o Belo. Combateu os abusos na distribuição de cargos eclesiásticos e o nepotismo (favorecimento dos "sobrinhos"), pois afirmava que o papa deve ser como Melquisedec: sem pai, sem mãe, sem genealogia.. . Procurou entrar em paz com Luís IV, da Alemanha, mas os reis da França, Felipe IV, o Belo, e Roberto, de Nápoles, o atrapalharam por acharem que ele poderia regressar a Roma e deixar Avinhão. Em 1341, novas conversações entre o papa e Luís IV foram feitas, mas fracassaram mais uma vez, por causa da ambição do imperador alemão.

O papa seguinte foi Clemente VI ( 1342-1352 ) , um francês prudente e erudito, mas que tudo fez para favorecer à política francesa. Impôs pesadas exigências para reconciliar Luís IV da Alemanha com a Igreja, mas o monarca as rejeitou. Daí o papa lançou um  anátema ( maldição ) sobre Luís IV e pediu aos eleitores alemães que escolhessem um outro para seu lugar. Dessa vez as admoestações encontraram eco na Alemanha, porque a vida se complicava cada vez mais e o povo queria a paz, pois já havia mais de vinte anos que o território alemão estava sob interdito papal. O Imperador Luís IV se tornava impopular e desgastado por tantas brigas seguidas com vários papas. Assim, em julho de 1346, cinco príncipes alemães elegeram Carlos da Morávia, como rei com o nome de Carlos IV e, 1346. A guerra já ia estourar de novo entre Luís IV e o eleito Carlos IV, quando finalmente, Luís IV morreu em 1347. Carlos IV assumiu o trono da Alemanha e do Sacro Império de 1347 a 1378. Os franciscanos Guilherme de Occam e Bonagrátia de Bérgamo, agora sem a proteção de Luís IV, submeteram-se ao Papa Clemente VI e foram perdoados.

Em 1355, Carlos IV, a pedido do papa, foi a Roma e foi coroado Imperador do Sacro Império pelo cardeal de Óstia. Mas não conseguiu estabelecer a ordem na Itália, por causa da ausência do papa no Estado Pontifício. A permanência dos papas na França era prejudicial para toda a cristandade.

Na Itália reinava a anarquia. Havia lutas entre vários grupos e a violência imperava. Os romanos chegaram a escolher um governador chamado Nicolau Cola de Rienzo, homem modesto mas eloqüente e perspicaz. Chegou a ir a Avinhão pedir ao papa que retornasse a Roma, apoiado pelos romanos e pelo poeta Francisco Petrarca. No entanto, fracassa e retorna a Roma onde tenta acabar com a anarquia, mas é acometido de uma loucura repentina, vindo a morrer logo depois. A permanência dos papas em Avinhão e um grande mal para a Igreja.