O espírito missionário marcou, desde o início, a colonização no Brasil. A conversão do gentio era tida como o objetivo justificador da conquista. Com a chegada dos Jesuítas em 1549, iniciou-se um trabalho sistemático dos missionários em dois setores: o das missões, onde os indígenas eram iniciados na agricultura e artesanato visando o isolamento destes em relação aos colonos, e o dos colégios reais, que constituíam a base da instrução colonial.

Depois dos Jesuítas vieram os Beneditinos em 1581, os Franciscanos em 1584, os Mercedários em1640 e os Carmelitas em 1665. O primeiro bispado foi o da Bahia e seu primeiro bispo foi Dom Pero Fernandes Sardinha que, vítima de um naufrágio, foi devorado pelos índios selvagens. Em 1707, um Sínodo convocado por Dom Sebastião Monteiro de Vide aprovou as Constituições Primeiras do Arcebispado da Bahia. Salvador que se tornara a primeira diocese do Brasil, tornava-se agora a primeira arquidiocese. Por esta razão, Salvador é até hoje a arquidiocese primaz do Brasil e seu arcebispo também recebe o título de "arcebispo primaz do Brasil".

Além do clero secular e das ordens religiosas, surgiram ainda várias irmandades leigas como as Ordens Terceiras, Irmandades e Confrarias que às vezes apresentavam o aspecto de corporações profissionais e que, não raro, cumpriam funções de assistência social, mantendo asilos, hospitais e cuidando dos presos e condenados à morte. As autoridades eclesiásticas permitiam a formação de irmandades negras para os escravos onde era comum a prática de cultos já fortemente marcados pelas religiões primitivas africanas.

Quando em 1759 o Marquês de Pombal decretou a expulsão dos jesuítas em todo o reino e nas colônias, a Igreja no Brasil atravessou um período de crise, sobretudo na área da educação com o fechamento de seus colégios e escolas que eram gratuitos.

Desde o início da evangelização muitos "cristãos novos" ( judeus convertidos ) vieram para o Brasil, fugindo da Inquisição na Europa. Em 1567 a emigração de conversos foi proibida. Mas mesmo assim ela prosseguiu e no final do século XVI, cerca de duzentos engenhos de açúcar pertenciam a "cristãos novos".

Vejamos agora alguns outros aspectos da Igreja no Brasil Colonial:

a)   O Padroado: A Igreja no Brasil durante quase quatro séculos foi marcada pela instituição do Padroado. Tratava-se de uma estreita ligação com o rei de Portugal na época do Brasil Colonial e, depois da independência, com os imperadores do Brasil Através do Padroado, os monarcas tinham certos direitos e privilégios como nomear bispos, conferir benefícios eclesiásticos ou receber dízimos das igrejas sob sua jurisdição.

Numa Bula de 1516, o Papa Leão X concedeu ao rei de Portugal o Padroado sobre todas a igrejas das terras recém conquistadas. A jurisdição espiritual, porém, era reservada ao Prior do Convento de Tomar, em Portugal. Muitos, porém, interpretaram erroneamente a Bula papal, outorgando a prerrogativa da jurisdição espiritual aos reis de Portugal, que possuíam, o título de Grão-Mestre da Ordem. Houve, por isso, alguns excessos da o parte dos reis de Portugal como por exemplo exigir que Bulas pontifícias fossem aprovadas pela Coroa antes de chegar ao clero português e que os bispos tivessem concessões da corte  para manterem relações com a Santa Sé. Mas, apesar desses aspectos negativos, o Sistema de Padroado teve também seu saldo positivo, quando exercido dentro dos limites das Bulas pois facilitou a ereção de igrejas, providenciou a remuneração do clero e dos missionários, criou dioceses, paróquias, colégios, etc... Favoreceu ainda as missões e a unidade da Igreja nas terras conquistadas.

Quando, mais tarde, o Brasil se separou de Portugal tornando-se independente, o Papa Leão XII, através da Bula "Praeclara Portugaliae", de 1827, separou de Portugal a Ordem de Cristo e atribuiu a ela e a seus Grão-Mestres ( no caso os imperadores do Brasil), o Padroado. Dessa forma a Igreja no Brasil permaneceu estreitamente unida ao Estado. Isso levou a ingerências indevidas do poder civil na Igreja durante todo o período do Império ( 1822-1889 ).

b) A Igreja e os índios: Era corrente na época moderna a idéia de que os índios não eram plenamente humanos mas seres irracionais, destituídos de capacidade de auto-determinação e, por conseguinte, de liberdade. Com isto era justificada a sua escravidão.

Os escravos índios foram conseguidos pelos portugueses, primeiramente, através do resgate dos membros de uma tribo vencida numa guerra indígena. Os índios vencidos eram normalmente  subjugados e escravizados ou então devorados pelos vencedores. Para evitar esse estado de coisas, os portugueses compravam-nos aos vencedores ou então trocavam-nos por pequenos objetos. Mais tarde, como o número de escravos se mostrasse insuficiente, os colonizadores recorreram aos índios capturados em "guerras justas", ou seja, guerras provocadas pelos índios contra os brancos. Posteriormente começaram a fazer incursões, assaltos a tribos, com o fim de escravizá-los.

Merece atenção especial o fato ocorrido com os índios Caetés. Eles mataram e devoraram o Bispo D. Pero Fernandes Sardinha, três cônegos e cerca de cem outras pessoas, vítimas de naufrágio. E vangloriavam-se disto, proclamando que haviam matado o chefe religiosos dos brancos. Ora, tal atitude foi tomada como ignomínia ao nome de cristão. Em conseqüência, o governador Mém de Sá (1557-1572) mandou contra os  índios Caetés uma expedição para que os reduzissem à escravidão como castigo modelar. Este fato desencadeou, da parte dos colonos, outros assaltos a índios de tribos diversas, como se todos fossem culpados do mesmo crime.

Diante dos fatos, registraram-se protestos da parte das autoridades eclesiásticas e das autoridades civis. Em conseqüência o Papa Paulo III escreveu a Bula "Veritas Ipsa" que expões o equívoco subjacente à instituição da escravatura indígena:

"O comum inimigo do gênero humano, que sempre se opõe às boas obras para que pereçam, inventou um modo, nunca dantes ouvido, para estorvar que a Palavra de Deus não se pregasse às gentes, nem elas se salvassem.

Para isso moveu alguns ministros seus que, desejosos de satisfazer às suas cobiças, presumem afirmar a cada passo que os índios das partes ocidentais e meridionais e as mais gentes que neste nossos tempos tem chegado à nossa notícia, hão de ser tratados e reduzidos a nosso serviço como animais brutos, a título de que são inábeis para a Fé Católica; e, com o pretexto de que são incapazes de recebê-la, os põem em dura servidão, tal como têm as suas bestas e com isso impõem um sofrimento tão grande que aflige a toda essa gente.

Pelo teor das presentes admoestações, determinamos e declaramos que os ditos índios e todas as demais gentes que daqui em diante vierem à notícia dos cristãos, ainda que estejam fora da fé cristã, não estão privados, nem devem sê-lo, da sua liberdade, nem do domínio de seus bens, e nem devem ser reduzidos à servidão".

As determinações da Bula lograram efeitos positivos sobretudo porque os Jesuítas defenderam a liberdade dos nativos e agiram contra os abusos dos brancos. Com isto contribuíram para moderar e retirar o costume dos assaltos a aldeias.

A 30 de julho de 1609 um decreto de El Rey promulgava uma lei que abolia por completo a escravidão indígena: " Declaro todos os gentios daquelas partes do Brasil como livres, conforme o direito e seu nascimento natural, assim como os que já foram batizados e convertidos à nossa santa fé católica, como os que ainda servirem como gentios, com pessoas livres como são".

Em 24 de abril de 1639, o Papa Urbano VIII publicou o Breve "Commissum Nobis", incutindo a liberdade dos índios da América. No seu Breve, o papa ordenava, sob pena de excomunhão reservada ao Pontífice, que ninguém prendesse, vendesse, trocasse, doasse ou tratasse como cativos os índios da terra.

Dessa forma fica registrada o importante papel desempenhado pela hierarquia da Igreja na questão da escravidão indígena. Vale ressaltar o empenho em respeitar tal população embora isso exigisse sacrifícios da parte dos clérigos que se lançaram na defesa dos mesmo.

Não podemos deixar de registrar a importante atuação de grandes homens como José de Anchieta  e Manoel da Nóbrega, dois padres jesuítas  que muito trabalharam em favor dos índios brasileiros além de São Roque González, bispo de assunção, no Paraguai, que morreu em terras brasileiras no Rio Grande do Sul martirizado por índios e de Inácio de Acevedo e seus 39 companheiros mártires que foram martirizados por piratas franceses quando estavam próximos à costa brasileira para onde vinham evangelizar, ambos moreram em meados do século XVI.

c)  A Igreja e a Escravidão Negra: Diferentemente da escravidão indígena, a  escravidão negra foi aceita mais pacificamente no Brasil. Muitos foram aqueles que a defenderam, pois se constituía a principal forma de trabalho para o desenvolvimento da colônia. Contudo, várias e significativas vezes levantaram-se vozes contra a escravidão negra. Um exemplo disso foi o Padre Antônio Vieira que muitas vezes fora considerado como aliado dos senhores da terra contra os escravos mas que na verdade assumiu um posição de censura contra os patrões. Essa censura dirige-se, em última análise, ao próprio regime escravagista.

Também as Constituições Primeiras do Arcebispado da Bahia promulgadas em             1707, e que estiveram em vigor nas demais dioceses do país durante os séculos XVII e XIX, dedicava vinte e três tópicos sobre a situação dos escravos. Entre outras merece atenção a exortação a que os senhores proporcionassem aos escravos comida, roupa e o descanso aos domingos e dias santos. Interessou-se também pela catequese a ser ministrada aos escravos, todavia sem que se lhes impusesse o Batismo

Em 1741 o Papa Bento XIV escreveu uma Bula, "Immensa Pastorum" na qual censurava a escravidão negra. Esta Bula foi dirigida aos bispos do Brasil e de outras partes da América, solicitando que tentassem de todos os meios obter melhores condições de vida para os escravos.

Também o Papa Gregório XVI, no dia 3 de dezembro de 1839, quis colaborar no seu século com as declarações de seus antecessores escreveu taxativamente: admoestamos aos fiéis para que se abstenham do desumano tráfico de escravos negros ou de quaisquer outros homens que sejam.

No dia 5 de maio de 1888 o Papa Leão XIII  enviou aos bispos do Brasil a Espístola "In Plurimis" atinente à escravatura, na qual dizia: "É profundamente deplorável a miséria da escravidão a que desde muitos séculos está sujeita uma parte não pequena da família humana".

Poucos dias depois, a 13 de maio de 1888, a Princesa Isabel, na Regência do trono do Brasil, em lugar de seu pai, o Imperador Pedro II que viajava pela Europa, assinou a Lei Áurea abolindo definitivamente a escravidão negra no Brasil.

O papel da Igreja frente à escravidão negra não se limitou a esses episódios. De fato foi todo um contexto de idéias cristãs que, influindo no espírito do povo, preparou a libertação dos escravos que foi assinada finalmente em 13 de maio de 1888. A fim de comemorar tal evento, o Papa Leão XIII enviou à Princesa Isabel  a Rosa de Ouro como sinal de distinção e benevolência de Sua Santidade.

A INQUISIÇÃO NO BRASIL COLONIAL

O tribunal da Inquisição (Santo Ofício) cmeçou a atuar no Brasil  na Segunda metade do século XVI mas foi no início século XVIII que que suas ações se tornaram mais sitemáticas e a intolerância foi realmente instalada. Como o Brasil era uma colônia de Portugal o tribunal ficava em Lisboa e os réus eram então levados para lá a fim de serem julgados. Os réus eram quase sempre acusados de blasfêmia, sodomia, bigamia, praticas de feitiçaria ou de judaísmo e também por concubinato.

O governo de Portugal não achava conveniente instalar um tribunal exclusivo aqui no Brasil para julgar os acusados e por isso o processo culminava com o julgamento em Lisboa onde o réu recebia a pena ou era absolvido. Por isso, para manter a vigilância sobre a população que vivia no Brasil, a perseguição e a prisão, a Inquisição montou aqui ma estrutura onde se destacavam não só os membros do clero como ainda pessoas influentes. Esses eram chamados de "comissários"e tinham o poder para prender interrogar e informar tudo a Lisboa. Junto a estes haviam um outra classe formada por leigos que recebia o nome de "familiares" que atuava ao lado dos ditos "comissários". Quando um acusado era preso todos os seus bens eram confiscados deixando a ele apenas as roupas do corpo. Em Lisboa o réu era julgado. Se abjurasse seus erros era absolvido e posto em liberdade. Nesse caso os seus bens confiscados não lhe eram devolvidos pois ficavam como pagamento pela sua "estadia"na prisão da inquisição. Caso fosse descoberto que mentira em seu depoimento era então levado à tortura. Caso o réu não renunciasse a seus erros era entregue para ser executado sendo queimado vivo na fogueira. Era dessa forma que a Inquisição atuou no Brasil Colonial.