Vimos que o sistema do Padroado foi estabelecido no Brasil deste o tempo da colonização quando o rei de Portugal tinha uma estreita ligação com o poder eclesiástico. Com isso ele tinha direitos como o de nomear bispos, conferir benefícios eclesiásticos ou receber dízimos das igrejas sob sua jurisdição.
Quando houve independência do Brasil, em 7 de setembro de 1822, o Papa Leão XII separou de Portugal a Ordem de Cristo e atribuiu a ela e a seus Grão-mestres (então, aos imperadores do Brasil), o Padroado através da Bula "Praeclara Portugaliae". Permaneceu, dessa forma, a Igreja estreitamente unida ao Estado no Brasil Imperial. Isso levou a ingerência indevida do poder civil na Igreja; no tempo do Império o caso mais grave foi dos padres Feijó e Antônio Maria de Moura, apresentados pela Regência, em 1833, para bispos. Essas indicações não foram aceitas pela Santa Sé uma vez que os referidos padres tinham certas idéias que discordavam das determinações da Igreja. Houve uma tensão muito grande tendo, inclusive, um membro da câmara proposto o rompimento da Igreja no Brasil com a Santa Sé ficando subordinada ao governo, apenas. A questão foi resolvida com as respectivas renúncias dos dois padres ao episcopado e o governo brasileiro apresentado outros dois nomes.
Outro grande problema ocorrido no Brasil Imperial foi a chamada "Questão Religiosa" que surgiu em 1871. O ponto de partida do conflito foi quando a loja maçônica "Grande Oriente" se reuniu para homenagear o Visconde do Rio Branco, que era o Presidente do Conselho de Ministros do Imperador Pedro II ( cargo equivalente ao de um Primeiro-Ministro) por ocasião da vitória alcançada com a "Lei do Ventre Livre" ( que libertava todos os escravos nascidos a partir daquela época) no dia 28 de setembro de 1871. Nessa ocasião o Padre José Luís de Almeida Martins, seguidor da Maçonaria, proferiu um discurso comemorando a data que foi publicado nos jornais em março de 1872. O Bispo do Rio de Janeiro, D. Pedro Maria Lacerda, impôs ao padre uma retratação pelo seu ato, visto que não era lícito a um clérigo participar da Maçonaria. Como tal retratação não fosse feita o Padre Martins foi suspenso de ordens pelo bispo.
A punição do padre causou grande impacto. As lojas maçônicas protestaram. Isso porque, devido ao sistema do Padroado, as proibições da Igreja referentes à Maçonaria não foram promulgadas no Brasil uma vez que o Imperador Pedro II e muitos ministros eram maçons. As lojas maçônicas se uniram contra o bispo do Rio de Janeiro através de calúnias nos jornais e agressões das mais diversas ao clero em geral.
Naquele mesmo ano de 1871, tomou posse como bispo de Olinda e Recife o capuchinho D. Vital Maria Gonçalves de Oliveira. Este deparou-se logo com o problema das Irmandades Religiosas que possuíam entre seus membros numerosos maçons. Este admoestou-os seguidamente de que era impossível ser católico e maçom ao mesmo tempo. Em 28 de dezembro de 1872 enviou uma carta às paróquias orientando aos párocos da necessidade de abjuração da Maçonaria por parte desses irmãos maçons. Se não o fizessem deveriam ser expulsos das Irmandades. Mais duas circulares foram enviadas no mês seguinte. Essa atitude provocou nova onda de revolta na Maçonaria. As lojas maçônicas se revoltaram e passaram a combater fortemente o bispo D. Vital.
A 9 de janeiro de 1873 reuniram-se com o objetivo de formar uma representação no poder legislativo. D. Vital porém não se intimidou e a 19 de janeiro lançou um interdito sobre as Irmandades. Pelo interdito ficava proibido às Confrarias comparecer em público com suas insígnias e receber novos membros. Os irmãos maçons deveriam abjurar à Maçonaria ou então se retirarem das Confrarias. Os chefes maçônicos começaram a agir também contra os jesuítas, fiéis ao bispo. Ocorreram assaltos e depredações em igrejas e colégios jesuítas.
D. Vital reagiu energicamente e no dia 2 de julho mandou publicar uma Bula do Papa Pio IX, a "Quamquam Dolores", datada de 29 de maio daquele ano, pela qual o Pontífice afirmava estar a Maçonaria brasileira sujeita à excomunhão, devendo as Irmandades ser dissolvidas.
Os maçons não se intimidaram. Enviaram um recurso ao governo em nome da Irmandade do Santíssimo Sacramento da Igreja Matriz de Santo Antônio no Recife. No dia 3 de maio reuniu-se o Conselho de Estado para examinar a pendência e, após uma longa discussão, o recurso foi aceito. A 12 de junho, o Governo Imperial enviou uma ordem para que D. Vital suspendesse o interdito no prazo de um mês. Este, consciente de que se tratava de um assunto interno da Igreja, não sujeito à ingerência do Estado, manteve o interdito. Por isso foi acusado de transgredir as ordens do governo. Por se tratar de um assunto de caráter religioso, D. Vital esperava ser julgado por tribunal religioso. No entanto, o seu processo seguiu para o Supremo Tribunal do Império.
Como D. Vital havia recebido total apoio do Papa Pio IX, inclusive com plenos poderes para dissolver as Confrarias, o bispo do Pará, D. Antônio Macedo Costa agiu nos mesmos moldes e começou proceder da mesma forma com os maçons de sua diocese. Os mesmos atritos se repetiram no Pará com D. Antônio Macedo Costa.
O Governo Imperial do Brasil enviou à Santa Sé, Francisco de carvalho Moreira, Barão de Penedo, encarregado desta missão pelo Visconde de Caravelas então Ministro do Exterior do Brasil. A missão de fato não tinha a finalidade de dialogar mas sim de dar ciência ao Santo Padre de que o Governo Imperial do Brasil tinha intenção de condenar o bispo. Em outubro de 1873, o Barão de Penedo se reuniu com o Cardeal Antonelli, Secretário de Estado de Pio IX, e depois com o próprio Pontífice. Junto ao papa, o Barão de Penedo defendeu a Maçonaria brasileira. Depois de contemporizar com ambos os fez saber que as Irmandades eram associações mistas e que tinham, portanto compromissos com a Igreja e também com o Estado e que, diante disso. D. Vital não agira corretamente em seu procedimento. Isso desabonava os interditos e as suspensões impostas por D. Vital e D. Antônio.
O Cardeal Antonelli, sob a influência da diplomacia brasileira acabou cedendo e tornou-se contrário a D. Vital. Enviou-lhe uma carta censurando a sua falta de moderação e prudência. Mandava que revogasse os interditos e as suspensões e reunisse as Irmandades, exortando os maçons a se retirarem das mesmas. O Barão de Penedo conseguiu ainda uma carta do Cardeal Antonelli contra os dois bispos brasileiros. Esta carta foi entregue ao núncio, D. Sanguigni que de boa fé informou ao governo brasileiro. Ela deveria ficar secreta mas o governo brasileiro pressionou o Núncio para que a entregasse para ser publicada.
D. Vital foi preso no Recife no início de janeiro de 1874 e transferido para o Rio de Janeiro. No final do mês de janeiro de 1874, D. Vital recebeu a missiva do Cardeal Antonelli e percebeu que fora vítima de informações deturpadas. Escreveu então uma carta ao Papa Pio IX narrando em detalhes todos os acontecimentos de sua diocese e enviou-a através de seu secretário particular o Padre José de Lima e Sá. Ao tomar conhecimento da verdadeira versão da questão no conteúdo da carta de D. Vital o Santo Padre anulou a carta do Cardeal Antonelli. Com esse ato tornou sem efeito a missão do Barão de Penedo em Roma.
O Governo Imperial do Brasil não recuou de sua posição e o processo contra D. Vital prosseguiu. O julgamento da Questão se deu em 4 de fevereiro de 1874. O bispo D. Vital foi condenado a quatro anos com trabalhos forçados, sentença depois comutada para quatro anos simples.
Ao saber da sentença da condenação de D. Vital, o Papa Pio IX lamentou o fato e elogiou o bispo de Olinda, reprovando as lojas maçônicas. Enviou-lhe uma carta especial. O Cardeal Antonelli, de sua parte, protestou ante o governo brasileiro por não ter cumprido a promessa de que nada de desagradável aconteceria ao bispo de Olinda. Quanto ao bispo do Pará, D. Antônio Macedo Costa, foi também preso e levado ao Rio de Janeiro em fins de abril de 1874, onde recebeu a mesma sentença de D. Vital.
Em setembro do mesmo ano de 1874, o Governo Imperial do Brasil determinou que os prelados administradores das dioceses deixadas pelos bispos presos suspendessem os interditos. Estes se negaram alegando que não possuíam tal direito, que havia sido reservados pelos bispos para si. Por isso foram abertos contra eles processos por desobediência a autoridade civil. Em novembro do mesmo ano ocorreram motins e revoltas populares no Nordeste contra o governo por causa de impostos, conscrição militar e pesos e medidas. O governo acusou os católicos, especialmente os jesuítas, de estarem fomentando essas rebeliões. Nove sacerdotes foram presos em Olinda. O governo os deportou sem processos ou julgamentos.
Finalmente, em junho de 1875 caiu o Gabinete do Visconde do Rio Branco. Um novo governo assumiu: o Duque de Caxias tornara-se o novo Presidente do Conselho de Ministros e a 17 de setembro de 1875 decretou uma anistia aos bispos e administradores de dioceses. D. Vital, finalmente livre, viajou a Roma onde foi recebido em audiência pelo Papa Pio IX. Regressando ao Brasil em novembro de 1876 ele reassumiu o governo de sua diocese. Contudo, já bastante doente, cinco meses depois voltou à Europa em busca de tratamento. Morreu no dia 4 de junho de 1878 no Convento da Ordem dos Capuchinhos em Paris, de tísica pulmonar aguda. Seu nome, assim como o de D. Antônio Macedo Costa entrará para a história da Igreja no Brasil.
A Igreja enfrentou estes e ainda outros problemas durante o império no Brasil. Tudo por causa de sua ligação com o Estado devido ao sistema do Padroado. No entanto, em l5 de novembro de 1889, a república foi proclamada no Brasil e com o fim do Império acabou-se também o Padroado. Um dos primeiros atos do Governo Provisório da República foi a separação da Igreja do Estado. A partir de então a Igreja no Brasil passou a seguir seu próprio caminho com total independência. Os bispos passaram a ser nomeados diretamente pela Santa Sé, o número de dioceses e paróquias aumentou de modo considerável e o atendimento aos fiéis foi eficazmente desenvolvido.
